Formaba parte del antiguo convento de la ordeIn de san Francisco. Sus orígenes parecen remontarse a finales del siglo XVI, aunque de la antigua construcción casi no quedan restos. La obra actual es de mediados a finales del siglo XVII,posteriormente remodelada. Sabemos que el monasterio y su Iglesia fueron afectados por el «diluvio» de 1694, que anego sus dependencias. Será a partir de mediados del siglo XVIII, cuando esta orden alcanzó un mayor esplendor.
A principios del siglo XIX, al igual que casi todos los templos de la localidad, esta iglesia se vio afectada por la presencia francesa en Cazorla. Por estas mismas fechas, parece ser que se decide el traslado del cuadro del Cristo del Consuelo a esta Iglesia, por ruina de la Iglesia Mayor de Santa María.
Posee un rico retablo, de mediados de nuestro siglo, recubierto de finas láminas de oro, que presenta en su parte central el lienzo del Cristo del Consuelo, Patrón de la ciudad, y a cada uno de sus dos lados otros tantos cuadros de Alfonso Grosso con escenas de la Pasión. El cuerpo superior queda coronado por tres pinturas de Juan Miguel Sánchez alusivas al fundador de la Orden.
Otros elementos interiores dignos de destacar son su púlpito en nogal y las capillas, tanto del crucero como laterales.
En su fachada, construida en toba entre hileras horizontales de ladrillos, una fina portada de traza renacentista coronada por un frontón con el escudo franciscano, da acceso al templo. Junto a ella, adosada a su lado oeste, se levanta la torre del campanario.
Desde comienzos del siglo XIX el templo acoge el cuadro del Cristo del Consuelo, de secular y sentidísima devoción en la ciudad, que hasta entonces se veneraba en la Iglesia de Santa María, (Parroquia primigenia situada en la Plaza del mismo nombre o “Plaza Vieja”,en el casco antiguo de la ciudad), y a la que las catástrofes naturales y las guerras redujeron a los restos que hoy sobreviven.